بدأت الشؤون المالية والإدارية في جامعة حفر الباطن منذ نشأة الجامعة وتطورت مع تطور الجامعة ، وبعد اعتماد فصلها عن جامعتي الامام عبدالرحمن بن فيصل وجامعة الملك فهد للبترول والمعادن بمرسوم ملكي بعام 1436هـ  أصبحت تدير أعمالها بأستقلالية ،وتشكل إدارة الشؤون المالية والإدارية العمود الفقري للجامعة، وتتمثل المهمة الرئيسية للشؤون المالية والإدارية في إدارة الأعمال ذات الطابع المالي والإداري في الجامعة وتبدي اهتماماً خاصاً بجوانب التطوير بكافة المستويات سواء كوادر بشرية أو تقنية والسعي لتطور هذه الأعمال من خلال أستخدام أحدث الأساليب