أُنشئت الإدارة العامة للتخطيط والميزانية عام ١٤٣٦هـ، لتتولى مهامها كإدارة عامة للتخطيط والتنفيذ، وترتبط تنظيميًا بمعالي رئيس الجامعة، وتعمل ضمن منظومة إدارات مختلفة لتحقيق رسالة الجامعة وأهدافها، بما يتوافق مع رؤيتها.